Аппарат джин эксперт для диагностики туберкулеза

Дата добавления: 2014-11-25 ; Просмотров: 1642 ; Нарушение авторских прав? ;

Нам важно ваше мнение! Был ли полезен опубликованный материал? Да | Нет

источник

Рубрика: 6. Клиническая медицина

Статья просмотрена: 4565 раз

Тарашкевич Н. В., Камёнко Е. С. Эффективность молекулярно-генетического метода GeneXpert MTB/RIF для диагностики туберкулеза [Текст] // Новые задачи современной медицины: материалы III Междунар. науч. конф. (г. Санкт-Петербург, декабрь 2014 г.). — СПб.: Заневская площадь, 2014. — С. 68-70. — URL https://moluch.ru/conf/med/archive/153/6676/ (дата обращения: 12.07.2019).

В данной статье приведены результаты исследования по оценке эффективности молекулярно-генетического метода GeneXpert MTB/RIF, проведено его сравнение с бактериологическим и микроскопическим методами для диагностики туберкулеза. В ходе исследования была подтверждена высокая эффективность молекулярно-генетического метода GeneXpert MTB/RIF.

Ключевые слова: туберкулез; множественная лекарственная устойчивость; GeneXpert MTB/RIF; чувствительность, специфичность, эффективность исследований.

Введение. В Республике Беларусь в 2012 году число больных с впервые в жизни установленным диагнозом «туберкулез» составило 3917 человек [2]. Несмотря на общую тенденцию к снижению заболеваемости туберкулезом, эпидемиологическая ситуация по туберкулезу остается неблагоприятной (Рис. 1).

Рис. 1. Заболеваемость населения РБ активным туберкулезом всех форм (число больных с впервые в жизни установленным диагнозом)

Особенно следует отметить высокий уровень распространенности туберкулеза с множественной лекарственной устойчивостью. По данным ВОЗ [5], в Беларуси заболеваемость туберкулезом с множественной лекарственной устойчивостью у пациентов с впервые установленным диагнозом «туберкулез» в 2012 году возросла на 2,7 % по сравнению с 2011 годом (Рис. 2).

Рис. 2. Распространенность МЛУ-туберкулеза в Республике Беларусь по данным ВОЗ

Сложность эпидемиологической ситуации обуславливает необходимость повышения требований к качеству и сокращения времени лабораторной диагностики туберкулеза, обеспечения биологической безопасности персонала, проводящего тесты по выявлению микобактерии туберкулеза.

Цель данного исследования: определение эффективности молекулярно-генетического метода GeneXpert MTB/RIF для диагностики туберкулеза, его сравнение с бактериологическим и микроскопическим методами.

Материалы и методы. В ходе данной работы было проведено ретроспективное выборочное статистическое исследование. В качестве учетных бланков использовались медицинские карты стационарных пациентов.

Программа исследования. Единицы наблюдения — 40 мужчин, находившихся на лечении в Республиканском научно-практическом центре пульмонологии и фтизиатрии (Беларусь) в период февраль 2013г. — февраль 2014г. с диагнозом «Инфильтративный туберкулез легких», в возрасте от 35 до 45 лет, не трудоустроены, не женаты, из вредных привычек отмечали курение. Контрольная группа — 20 пациентов (18 мужчин, 2 женщины в возрасте от 30 до 50 лет) с установленным диагнозом «пневмония». Изучаемые учетные признаки — результаты следующих лабораторных тестов: GeneXpert MTB/RIF, микроскопии мокроты с окраской по Цилю-Нильсену, бактериологического исследования с использованием среды Левенштейна-Йенсена, системы Bactec MGIT 960. Каждый участник прошел 3 лабораторных теста: GeneXpert MTB/RIF, микроскопию мокроты с окраской по Цилю-Нильсену, бактериологическое исследование.

Полученные научные результаты. На основании изучаемых учетных данных был произведен расчет показателей информативности диагностических методов (чувствительности, специфичности, прогностической ценности положительного и отрицательного результатов) (см. Табл. 1).

Чувствительность, специфичность, прогностическая ценность положительного и отрицательного результатов бактериологического, микроскопического методов и молекулярно-генетического метода GeneXpert MTB/RIF

источник

Туберкулез — хроническое инфекционное заболевание, вызываемое микобактерией туберкулеза (Mycobacterium tuberculosis). Микобактерия была открыта в 1882 году немецким бактериологом Р. Кохом, поэтому ее часто называют палочкой Коха.

Микобактерии туберкулеза широко распространены в окружающей среде. Носителями и источником инфекции являются больные люди и крупный рогатый скот. Заражение чаще происходит через дыхательные пути и реже — алиментарным путем.

После проникновения в организм человека микобактерии инфицируют макрофагов, образуя в дальнейшем микобактериальные фагосомы. Микобактерии противодействуют дальнейшему превращению фагосомы, нарушая процессы лизиса бактериальной клетки. Такой механизм защиты позволяет микобактериям выживать в клетках хозяина. Находясь в макрофаге, микобактерии размножаются. После гибели макрофага, бактерии попадают во внеклеточную среду. Дальнейшее существование бактерий зависит от иммунных свойств организма — активности макрофагов и Т-лимфоцитов.

К роду микобактерий относится несколько десятков видов. Основную угрозу для здоровья людей несут микобактерии человека (Mycobacterium tuberculosis) и микобактерии бычьего типа (Mycobacterium bovis). Кроме них, патогенными свойствами обладают микобактерии Mycobacterium africanum, М. microti, М. canetti, М. caprae, М. pinnipedii. Эти виды проводят к развитию туберкулеза человека с его типичными клиническими и морфологическими признаками. Перечисленные микобактерии составляют, так называемый, комплекс туберкулезных микобактерий (МТВС). Выделяют также Мycobacterium avium complex (M.avium, М. avium paratuberculosis и др.). В него входят бактерии, вызывающие диссеминированные процессы внелегочной локализации у человека.

К нетуберкулезным видам микобактерий, приводящих к развитию микобактериозов, относятся такие виды, как Mycobacterium chelonae, M. kansassi, M. xenopi и другие. Эти микобактерии вызывают заболевания легких, похожие на туберкулезный процесс, однако они более эффективно поддаются лечению противотуберкулезными средствами.

Один из видов микобактерий вызывает другое серьезное заболевание — лепру. Возбудителем в этом случае является Mycobacterium leprae.

Микобактерии чрезвычайно устойчивы во внешней среде. В высохшей мокроте и в пыли они могут находиться до 1 года, в почве до полугода. Их высокая устойчивость создает значительные трудности в борьбе с этой инфекцией.

Важной особенностью микобактерий является их свойство долгое время находиться в организме человека в латентном состоянии. При определенных ситуациях латентная фаза, протекающая без клинических проявлений, может перейти в активную форму. Скрытое протекание инфекции и стертость клинических проявлений существенно затрудняют раннюю выявляемость заболевания. Именно поэтому диагностика латентного туберкулеза является крайне важной.

Разработано большое количество лабораторных тестов для идентификации микобактерий туберкулеза в различных биологических жидкостях и тканях. Основными являются микроскопия биологических жидкостей с окраской мазков по Цилю-Нильсену, бактериологический посев, серологические методы исследования, применение метода полимеразной цепной реакции (ПЦР).

Микроскопический способ выявления микобактерий основан на их способности окрашиваться в красный цвет при использовании специальных красителей, тогда как другая микрофлора приобретает при этом синий цвет. Недостатком метода является его низкая чувствительность, поскольку для выявления микобактерий требуется их достаточное содержание в исследуемом образце. Повышение чувствительности микроскопического метода можно увеличить, применяя люминисцентную микроскопию.

Высокочувствительными методами диагностики туберкулеза являются серологические методы диагностики. После встречи человека с бациллой туберкулеза, как и с любым другим чужеродными агентом (вирусы, бактерии, глистная инвазия), иммунная система человека начинает вырабатывать специфические белки — антитела, блокирующие жизнедеятельность бактерий. Так осуществляется один из видов защиты организма человека от многочисленных болезнетворных микробов и вирусов.

После внедрения бактерий туберкулеза клетки иммунной системы начинают вырабатывать специфические антитела различных классов — IgM, IgA, IgG, которые циркулируют в кровеносном русле. На обнаружении таких специфических антител построена серологическая диагностика туберкулеза.

К основным современным методам серологической диагностики относятся тест-системы, основанные на технологиях, использующихся в иммунохимии — ИФА (иммуноферментное исследование), РИА (радиоиммунный анализ), иммунохроматографические методы (Hexagon TB, TB Check-1), иммуноблот. Повышение чувствительности методов ИФА постепенно приводят к вытеснению дорогостоящих радиоиммунных методов в диагностике туберкулеза.

Первыми антителами, появляющимися в крови, являются антитела класса IgM. Как правило, они выявляются в сыворотке крови через 2-3 недели после встречи с инфекцией и могут обнаруживаться на протяжении двух лет. Большинство тестов на основе ИФА технологий разработано для выявления антител класса IgG и суммарных антител (IgG + IgA + IgM).

Метод иммуноблота относится к подтверждающим методам диагностики наличия инфекционного процесса, поскольку позволяет выявлять одновременно несколько видов антител различных классов иммуноглобулинов к различным белкам бактерий. Разновидностью иммуноблота можно считать метод TB-Spot, где в качестве антигенов используются два вещества, довольно специфичных именно для микобактерий (липоарабиноманнан и белок весом 38 кДа). При наличии антител к микобактериям туберкулеза в сыворотке крови происходит их связывание с данными белками, сопровождающееся характерной окраской.

Микобактерия туберкулеза имеет в своем составе различные вещества (антигены), на которые организм человека вырабатывает антитела. Чем специфичнее/уникальнее бактериальный антиген, тем специфичнее будут образоваться на этот антиген антитела. Проблема повышения специфичности состоит в обнаружении таких антигенов и создании высокоспецифичных ИФА тест-систем для диагностики туберкулеза. Одним из таких белков, применяющихся в одностадийной тест-системе, является белок А60, специфичный для микобактерии. Этот белок после специальной очистки фиксируется на мембране. После добавления сыворотки больного человека и наличия в ней антител происходит их связывание с белком. Место связывание окрашивается в красно-фиолетовый цвет.

Применение иммуноферментных методов исследования является важным приемом в диагностике латентного туберкулеза. Выявление антител при помощи иммуноферментных технологий возможно не только в сыворотке крови, но и в моче, плевральной жидкости, мокроте, спинномозговой жидкости.

Бактериологический метод (посев материала на специальные среды) обнаружения микобактерий туберкулеза является высокоспецифичным методом, но имеет существенный недостаток: для идентификации бактерии при посеве на классические среды требуется около 4-8 недель. Этот способ выделения микобактерий обладает большей чувствительностью по сравнению с микроскопическим методом и позволяет после обнаружения микобактерий провести исследование по определению чувствительности к противотуберкулезным препаратам. Применение новых питательных сред и специализированного бактериологического оборудования позволяет определить рост микобактерий уже через 2 недели.

После расшифровки ДНК микобактерий туберкулеза и введения в лабораторную практику метода полимеразной цепной реакции (ПЦР), данный способ стал широко применяться в диагностике этого заболевания. Метод высокоспецифичен и позволяет проводить исследования небольшого количества материала. По оценкам ряда исследователей, метод ПЦР по чувствительности и специфичности превосходит культуральный метод диагностики при внелегочных формах туберкулеза.

Цитологические и гистологические методы диагностики туберкулеза позволяют выявить характерные морфологические признаки наличия заболевания. Обнаружение клеток Лангханса может свидетельствовать о наличии туберкулеза. Следует учитывать, что эти клетки могут появляться и при других инфекционных заболеваниях — саркоидозе, сифилисе, бруцеллезе.

Одним из самых ранних методов диагностики туберкулеза является реакция Манту (с 1908 года). Суть этой реакции заключается во введении внутрикожно туберкулина, представляющего собой очищенную смесь убитых культур микобактерий человека и бычьего вида. Результат пробы оценивают по величине инфильтрата через трое суток.

Современное развитие иммунологии и иммунохимии привело к внедрению новых тестов в диагностике туберкулеза — «диаскинтест» и «квантифероновый тест».

Проведение диаскинтеста заключается во внутрикожном введении двух белков, присутствующих у микобактерий опасных для человека, с последующей оценкой реакции в месте введения.

Квантифероновый тест проводится в пробирке крови взятой у пациента. Тест основан на способности белков, выделенных из микобактерий туберкулеза, стимулировать выработку гамма-интерферона сенсибилизированными Т-лимфоцитами человека, то есть инфицированного пациента.

Накопленный опыт в лечении туберкулеза свидетельствует о трудностях диагностики этого заболевания. Применение одного метода часто бывает недостаточно, поэтому существует необходимость использования различных приемов из арсенала инструментальных и лабораторных способов. Следует учитывать, что каждый из методов имеет свои недостатки, а их сочетание может привести к более достоверному заключению.

источник

Зачем взрослому человеку ставить пробу Манту? Какие существуют альтернативные методы диагностики туберкулеза? В чем отличие пробы Манту от диаскинтеста? Какие есть показания и противопоказания к их постановке? Существуют ли другие методы диагностики туберкулеза? На эти и другие вопросы во время прямой линии на информационном портале Здоровые люди ответила главный внештатный фтизиопедиатр Министерства здравоохранения, доцент кафедры фтизиопульмонологии Белорусского государственного медицинского университета Жанна Кривошеева.

Проба Манту и диаскинтест используются в разных ситуациях. Например, для уточнения диагноза «туберкулез» или «пневмония» более специфичным является диаскинтест, так как в этом случае и при наличии туберкулеза, и при его отсутствии проба Манту будет положительной. Что же касается диаскинтеста, при заболевании туберкулезом в 90 % случаев тест покажет положительный результат, а при пневмонии будет отрицательным.

Вместе с тем даже если у человека диаскинтест показал положительный результат, это еще не значит, что он болен активной формой туберкулеза. Впрочем, вероятность заболеть у него выше, чем у людей с отрицательным результатом диагностического теста. К слову, диаскинтест в нашей стране используется с 2014 года.

Согласно анализу эпидемиологической ситуации по заболеваемости туберкулезом в нашей и некоторых других странах, 80 % случаев заражения и заболевания туберкулезом происходит среди детей из групп риска, к которым относятся:

• проживающие в семье, где есть больные туберкулезом, а также имеющие хроническую бронхолегочную патологию либо другого органа или системы;
• имеющие сахарный диабет,
• ВИЧ-инфицированные;
• получающие длительную гормональную терапию после трансплантации, а также с тяжелой иммунной недостаточностью другого генеза.

Проба Манту и диаскинтест крайне редко вызывают аллергическую реакцию, вместе с тем полностью исключить ее развитие нельзя. Поэтому прежде, чем поставить тот или иной диагностический тест, специалисты всегда уточняют, были ли слишком «бурные» или необычные реакции в предыдущий раз. В таком случае проба Манту и диаскинтест противопоказаны.

Изредка после инъекции можно наблюдать повышение температуры тела, высыпания на предплечье или руке. А вот если в месте введения инъекции появился зуд, помимо возможной аллергической реакции на препарат можно предполагать инфицирование микобактериями туберкулеза.

В случае, если у ребенка есть склонность к аллергии, рекомендуется за пять дней до проведения теста и два дня после (до учета местной реакции на руке) принимать антигистаминные (противоаллергические) препараты.

Диаскинтест ставят детям любого возраста при подозрении на туберкулез, которое может возникнуть при пневмонии с затяжным течением, менингите неуточненной природы и других заболеваниях. Для того чтобы исключить туберкулез, предпочтение отдается диаскинтесту.

«Если ребенок простыл или только что перенес ОРВИ, можно ли проводить пробу Манту или диаскинтест? Отразится ли плохое самочувствие ребенка на результатах или лучше подождать до выздоровления? Сколько следует повременить после перенесенного заболевания?»

При установленном у ребенка диагнозе ОРВИ или другой инфекции лучше подождать до полного выздоровления. Идеальный вариант – повременить пару недель после того, как ребенок вылечился, а при тяжелых заболеваниях – месяц, хотя проведение тестов разрешается сразу после выздоровления.

В Беларуси сегодня доступны все самые современные методы диагностики туберкулеза. Если говорить о раннем выявлении туберкулезной инфекции (так называемой латентной формы), помимо известных пробы Манту и диаскинтеста может использоваться квантифероновый тест – определение уровня гамма-интерферона в венозной крови. В случае, если человек болен туберкулезом, квантифероновый тест будет положительным.

Справочно: квантифероновый тест был зарегистрирован в Беларуси в 2016 году. Его выполняют в РНПЦ пульмонологии и фтизиатрии. Исследование дорогостоящее и трудоемкое, поэтому применяется в особо сложных диагностических случаях. Квантифероновый тест не имеет противопоказаний и признан экспертами Всемирной организации здравоохранения. Белорусским гражданам проводится бесплатно по направлению консультанта РНПЦ пульмонологии и фтизиатрии, зарубежным гражданам – на платной основе.

Выполнение квантиферонового теста проводится в следующих случаях:

• у ребенка была серьезная аллергическая реакция на пробу Манту или диаскинтест;
• необходимо провести диагностику беременной женщине;
• у ребенка тяжелая сопутствующая патология, например онкогематологическое заболевание, когда введение любого реагента опасно развитием обострения основного заболевания, и др.

Еще один диагностический метод, который всегда используется при подозрении на туберкулез легких, – бактериологическая диагностика. Самыми современными и точными являются молекулярно-генетические тесты.

«У ребенка все пробы Манту были большие по размеру и немного припухшие. Ездили в тубдиспансер, там нам поставили еще одну пробу Манту, которая показала норму. Диаскинтест впоследствии тоже был отрицательный. С чем это связано? Значит ли это, что у ребенка был контакт с больным туберкулезом (реакция на пробу Манту)?»

Не существует такого показателя, как «норма пробы Манту». Нужно знать возраст ребенка. В дошкольном возрасте такая реакция на пробу Манту могла быть связана с прививкой БЦЖ, выполняемой в роддоме. Если же речь идет о том, что у ребенка старшего возраста проба Манту положительная, то это может говорить о том, что «встреча» с инфекцией произошла, контакт с больным туберкулезом был. Уточнить диагноз может врач-фтизиатр.

Постоянный медотвод возможен в случае, если была серьезная побочная реакция на предыдущие инъекции. Временно отложить проведение диагностических тестов целесообразно, если ребенок переносит острое инфекционное заболевание, обострилось любое хроническое заболевание, в том числе аллергическое, имеются кожные высыпания на месте предполагаемой инъекции или в детском коллективе объявлен карантин.

Перед постановкой диагностических тестов педиатр проводит клинический осмотр: измеряет температуру тела, спрашивает, нет ли кашля или насморка, других жалоб. Помимо этого уточняется, нет ли карантина по гриппу, ветряной оспе, ротавирусной инфекции в дошкольном или общеобразовательном учреждении, которое посещает ребенок. Накануне проведения тестов уведомляются родители или опекуны ребенка.

Один раз в год. Если дети проживают в семье, где есть больной туберкулезом, то дважды в год.

«Какие симптомы могут говорить о том, что у ребенка, возможно, развивается туберкулез? На что нужно обращать внимание?»

У пациентов с очень слабым иммунитетом туберкулез развивается остро и бурно. Это больше характерно для острой прогрессирующей формы туберкулеза легких. Впрочем, такие случаи редки. Как правило, туберкулез развивается медленно и незаметно, практически бессимптомно, чем он и коварен.

источник

Еще 31 аппарат «Джин Эксперт» для диагностики туберкулеза получил Таджикистан.

С помощью аппаратов «Джин Эксперт», которые были переданы в «Республиканский центр защиты населения от туберкулеза», обнаружить заболевание можно будет за 2 часа.

Соответственно это поможет раньше начать лечение и предотвратить инфицирование других лиц.

«Благодаря аппарату «Джин Эксперт» диагностика туберкулеза, в том числе стойкого к основным медицинским препаратам, проводится всего за два часа. Раньше на проведение такого исследования уходило от одного до трех месяцев. Новое оборудование позволяет уже в день сдачи мокроты поставить пациенту точный диагноз и при необходимости своевременно начать лечение. При этом в работе по «Джин Эксперт» контакт лаборантов с биоматериалом практически отсутствует, что обеспечивает надежную защиту медицинских работников от заражения туберкулезом», — сообщают в Минздраве РТ.

Аппарат «Джин Эксперт» для диагностики туберкулеза разработан американской компанией Cepheіd и одобрен Всемирной Организацией Здравоохранения.

До сегодняшнего дня в медицинских учреждениях Таджикистана функционировали всего 14 единиц аппаратов «Джин Эксперт».

Напомним, что с 2016 года в соответствие с поправками в Гражданско-процессуальный кодекс страны, больных с различными формами туберкулеза смогут лечить принудительно.

Согласно принятым поправкам, если больной туберкулезом, представляющий опасность для других людей, отказывается от лечения, то через суд его могут направить на принудительную диагностику и госпитализацию.

Между тем, согласно данным министерства здравоохранения и социальной защиты населения РТ, в 2015 году в Таджикистане на 100 тысяч населения приходилось 60 больных туберкулезом; в 2007 году на 10 тысяч человек насчитывалось 85 страдающих этим заболеванием. Подробности – в инфографике «АП».

источник

Современные методы ускоренной диагностики туберкулеза

С эпидемиологической точки зрения туберкулеза является управляемой инфекцией, так как в случае своевременного выявления и лечения больного человека, возможно прекращение инфекции и оздоровление окружающей среды.

Следовательно наиболее важным инструментом в улучшении эпидемиологической ситуациипо туберкулезу является качественная бактериологическая диагностика заболевания.

Эффективное применение различных бактериологических методов гарантирует:

► во-первых, своевременное выявление и изоляцию бактериовыделителей

►во-вторых, назначение правильного режима химиотерапии больным с лекарственно- устойчивыми формами заболевания

► во-третьих проведение соответствующих – противоэпидемичеких мероприятий в очагах инфекции.

За счет внедрения различных методов исследования лекарственной чувствительности микобактерий туберкулеза проводим как фенотипическую так и генотипические идентификации МТБ.

Фенотипические методы исследования лекарственной чувствительности, проводятся как прямым, так и непрямым способом на жидких и плотных питательных средах, методом пропорций.

Генотипические методы, основанные на выявлении мутаций в генах МБТ, ассоциированных с лекарственной устойчивостью.

Основой постановки диагноза туберкулеза обнаружение
в клиническом материале кислотоустойчивых микобактерий туберкулезного комплекса.

Однако чувствительность микроскопического исследования мокроты может составлять всего -40-50%,а наиболее информативным методом обнаружения МБТ являются культуральные исследования.

Левенштейна-Йенсена

До настоящего времени единственной средой для обнаружения микобактерий туберкулеза была плотная яичная среда Л-Йенсена на которой выделение клинических образцов составляло в среднем 2-3 месяца. И хотя посев
на эту среду был признан во всем мире « золотым стандартом», у этого метода довольно много недостатков оказывающих влияние на получение
результата.

Методика обработки

К исследуемому материалу в контейнере добавляем 4% щелочь закроем крышку флакона и встряхиваем, оставляем на 15 минут центрифугируем, удаляем надосадочную жидкость производим посев на среду Левенштейна-Йен-сена.

Помимо длительности получения результатов и довольно высоких затрат, а в век индустриального птицеводства оказалось невозможным стандартизировать методология приготовления яичных сред.

Самое главное препятствие разница в качестве яиц, полученных от кур с неодинаковым характером питания и содержания, отразившемся на качестве и размере желтка,
а следовательно и на ростовых качествах МБТ.

В основе предполагаемых экспресс методов является аппарат Бактек Миджит 960 по сравнению с плотной средой, принцип работы создание специальной жидкой среды на основе питательного бульона Мидлбрук с обогатительной добавкой супплимент для усиленного роста МБТ, раствора антибиотиков для предотвращения контаминации. И сокращение сроков получения роста культура на жидких питательных средах от 5 до 14 дней

Критерии направления больных с использованием прибора Бактек:

►Впервые выявленные больные до начала лечения

► больные с распространенным процессом.

►больные с рецидивами до начала лечения

► для контроля химиотерапии (при необходимости)

Метод Хайн тест применяется для быстрого диагностирования туберкулеза и определения устойчивости к препаратам первого и второго рядов, на мультиплексной ПРЦ в комбинации обратной гибридизацией с мембранными полосками, идентификация комплекса М туберкулеза и его резистентность к рифампицину и изониазиду в мокроте с положительным мазком.

Применяется для быстрого диагностирования туберкулеза в клинических материалах, а также для определения устойчивости к препаратам и первого и второго ряда путем определения мутаций в геноме микобактерий. Включает
в себя три стадии:

И все это проводится в течении –х суток.

Джин эксперт

Автоматизированный молекулярно- генетические метод, позволяет установить туберкулез и МЛУ ТБ,
за 2 часа, обладает высокой чувствительностью и существенно снижает сроки получения результатов диагностики ТБ и МЛУ, что обеспечивает своевременность эффективность лечения и инфекционный контроль.

► Автоматизирует обработку образцов, амплификацию ДНК и мультиплексную детекцию на основе ПЦР

► Работать с любыми образцами мокротой, мочой, СМЖ и плевральной жидкостью.

► Одновременно осуществлять скрининг на М. Туберкулеза и резистентность к рифампицину на95%

► Для работы используются одноразовые картриджи, содержащие все необходимые реагенты для проведения ПРЦ

►Закрытая крышка картриджа исключает контаминацию образцов, поэтому не требуется специальный бокс биологической безопасности

► Результаты теста выдаются через 2 часа и предоставляются в графическом, табличном и цифровом форматах

► Результаты каждого модуля отражаются в реальном времени.

► Информация о времени, оставшимся до получения результата 6 выводится на экран.

М.Кусемисова,
заведующий Клинико
бактериологической
лабораторией КГКП
«Областной
противотуберкулезный
диспансер»

источник

Система GeneXpert Dx предназначена для проведения диагностики in vitro и включает автоматизированную очистку образцов, амплификацию нуклеиновых кислот и определение интересующей последовательности в простых или сложных образцах с использованием методов ПЦР в реальном времени и ПЦР с обратной транскриптазой. Система состоит из диагностического устройства, персонального компьютера, сканера штриховых кодов и программного обеспечения для проведения тестов и просмотра их результатов. Система требует использования одноразовых картриджей, содержащих реагенты для ПЦР, в которых и происходит реакция. Поскольку картриджи являются автономными, перекрестная контаминация образцов исключена. Результаты тестов предоставляются в графическом, табличном и цифровом форматах.

Прибор GeneXpert Dx оснащен независимыми амплификационными модулями, предназначенными для загрузки различных диагностических картриджей GeneXpert. После загрузки картриджа, прибор автоматически производит подготовку образца, амплификацию, обнаружение искомой последовательности нуклеиновой кислоты и предоставление результата.

Прибор GeneXpert Dx может содержать от 1 до 16 модулей, каждый модуль может обрабатывать одновременно один образец. До 4 приборов могут объединяться вместе, и подключаться к одному компьютеру в единую диагностическую систему. Так как GeneXpert Dx — система с произвольным доступом, можно использовать модули независимо друг от друга, обрабатывать разные образцы и производить разные типы анализов на одном приборе. Поддерживается одновременная обработка до 16 образцов в каждом приборе.

Основные преимущества системы GeneXpert:

• простота и удобство в работе
• высокая скорость получения результатов
• автоматизированная подготовка образцов
• высокая точность получаемых результатов
• исключена контаминация на любой стадии работы прибора
• система с произвольным доступом – возможность постановки теста в любое время

Типы используемых картриджей

1. Тесты на MRSA иSA(Метициллинорезистентный Staphylococcus aureus и Staphylococcus aureus), являются качественными и количественными диагностическими тестами, проводимыми in vitro и разработанным для быстрого обнаружения устойчивых к метициллину штаммов Staphylococcus aureus в мазках из носа, образцах кожи и мягких тканей или из культуры крови.

Staphylococcus aureus является ведущим возбудителем нозокомиальных инфекций, который вызывает ряд заболеваний и часто приводит к смерти. К наиболее серьезным инфекциям, относятся бактериемия, пневмония, остеомиелит, острый эндокардит, инфекционно-токсический шок, пищевые отравления, миокардит, перикардит, энцефалит, менингит, абсцессы и некоторые другие заболевания. Резистентность стафилококков к оксациллину (метициллину) обусловлена наличием mecA – гена устойчивости. С клинической точки зрения важно дифференцировать резистентные штаммы стафилококков, поскольку терапия бета-лактамными антибиотиками будет неэффективна. Большинство MRSA штаммов часто бывают резистентны практически ко всем другим классам антибиотиков, за исключением гликопептидов (ванкомицин, тейкопланин). Раннее начало адекватной антибактериальной терапии существенно улучшает результаты лечения.

Staphylococcus aureus является так-же наиболее распространенной причиной постхирургических инфекций в больницах. Колонизация стафилококками в несколько раз увеличивает риск послеоперационных хирургических инфекций. Не зная, кто из пациентов является носителем Staphylococcus aureus, перед чистой операцией, врачи не могут оптимально подготовить пациента.

С целью ограничения распространения этих инфекций были разработаны и внедрены в учреждениях здравоохранения США и Европы стратегии и методы контроля. Контроль MRSA является основной задачей программ инфекционного контроля в большинстве больниц.

В настоящее время стандартным способом наблюдения с целью обнаружения MRSA является выделение культуры, что достаточно трудоемко и требует больших затрат времени. Компанией «Cepheid», США разработаны быстрые и более чувствительные способы контроля MRSA, которые существенно усилят программы инфекционного контроля и помогут в рациональной антибиотикотерапии, что позволит сократить расходы на фармакологические препараты и уменьшит количество инфекционных осложнений.

Катриджи содержат реагенты для обнаружения MRSA, а также контроль обработки образца (SPC) для контроля за надлежащей обработкой целевых бактерий и наблюдения за наличием ингибиторов в реакции ПЦР. Функция проверки наличия зонда (PCC) служит для проверки регидратации реагента, размещения пробирки для ПЦР в картридже, целостности зонда и стабильности флуорофоров. Праймеры, используемые в тесте Xpert MRSA/SA, позволяют определить характерные последовательности стафилококкового протеина А (spa), ген резистентности к метициллину/оксациллину (mecA) и стафилококковую кассетную хромосому (SCCmec), встроенную в хромосомный сайт SA attB.
Тесты Xpert MRSA и Xpert MRSA/SA nasal – тесты для определения метициллинорезистентного Staphylococcus aureus и Staphylococcus aureus в мазках из носоглотки. Быстрое выявление позволит врачам оперативно принимать решения по деколонизации пациента для предотвращения хирургических раневых инфекций вызванных Staphylococcus aureus и Метициллинорезистентным Staphylococcus aureus.
Тест Xpert MRSA/SA BC — тест для определения метициллинорезистентного Staphylococcus aureus и Staphylococcus aureus в гемокультуре. Септицемия является главной причиной смертности в больницах. Staphylococcus aureus – один из двух наиболее распространенных патогенов, вызывающих бактериемии и сепсис у госпитализированных пациентов и лиц с внебольничной инфекцией.
Тест Xpert MRSA/SA SSTI — тест для определения метициллинорезистентного Staphylococcus aureus и Staphylococcus aureus в отделяемом при инфекциях кожи и мягких тканей. В последние годы, расходы на лечение инфекций кожи и мягких тканей постоянно росли параллельно с ростом резистентности к антибиотикам. Для проведения рациональной антибиотикотерапии врачи должны знать, инфицированы раны Staphylococcus aureus или Метициллинорезистентным Staphylococcus aureus.

Преимущества данного метода исследования:

• высокочувствительный метод
• получение результатов в короткий срок (около 50 мин.)

1. ТестXpertEV – тест для определения энтеровируса в образцах спинномозговой жидкости (СМЖ), предназначен для качественного обнаружения РНК энтеровируса (EV) в образцах СМЖ у пациентов с симптомами менингита. Многочисленные исследования доказали, что быстрое положительное подтверждение вирусного происхождения менингита сокращает расходы, помогая избежать ненужного лечения антибиотиками и сводя к минимуму пребывание в больнице.

Согласно таксономической классификации энтеровирус принадлежит к классу вирусов, состоящему из полиовирусов, вирусов Коксаки, эховирусов и энтеровирусов. Энтеровирусы являются причиной широкого ряда инфекций и наиболее часто передаются контактным путем с выделениями носоглотки инфицированных людей. Обычными симптомами являются жар, сильная головная боль, резь в глазах от яркого света, сонливость или спутанность, а также тошнота и рвота. У грудных детей симптомы включают в себя жар, раздражительность, трудности при просыпании или потерю аппетита. Пациентов с такими инфекциями часто госпитализируют, особенно детей.
Тест Xpert EV предназначен для обнаружения РНК энтеровируса (EV) (нетранслируемая 5’-область генома энтеровируса [UTR] между нуклеотидами 452 и 596) в образцах СМЖ. В тесте используются реагенты, праймеры и зонды для одновременного обнаружения нуклеиновой кислоты в целевом EV и контроля обработки образца/внутреннего контроля (SPC/IC). В тест включены SPC/IC для проверки адекватности обработки целевого вируса, кроме того в процессе теста проводится наблюдение за присутствием ингибиторов с целью исключения неверного отрицательного результата. В тест также включена функция проверки наличия зонда, которая служит для проверки регидратации реагента, целостности зонда и размещения пробирки для ПЦР в картридже.

Преимущества данного метода исследования:

• высокочувствительный метод
• процедура тестирования занимает 2,5 часа.

1. ТестXpertC.difficile—тест для определенияClostridiumdifficileв мазках. Быстрая диагностика энтеропатогенных штаммов Clostridium difficile и токсинов из образцов стула пациентов с диареей представляет собой качественный диагностический тестin-vitro для быстрой идентификации и дифференцировки токсина B и комбинированного токсина в соответствующих образцах стула, полученных у пациентов с подозрением на инфекциюClostridium difficile (CDI). Тест использует автоматическую полимеразную цепную реакцию (ПЦР) в реальном времени для определения токсин-продуцирующих штаммов C. difficile, которые связаны с CDI. Анализ Xpert C. difficile предназначен для помощи в постановке диагноза инфекции CDI. C. difficile представляет собой грамположительную образующую споры анаэробную палочковидную бактерию, которую впервые связали с заболеванием в 1978 году. CDI в проявлениях варьирует от диареи до тяжелого угрожающего жизни псевдомембранозного колита. Зрелая кишечная бактериальная флора у здоровых взрослых обычно устойчива к колонизации C. difficile . Тем не менее, если состояние нормальной кишечной микрофлоры изменено, резистентность к колонизации теряется. Наиболее частым фактором риска является воздействие антибиотиков. Первичными факторами вирулентности C. difficile являются энтеротоксин A и цитотоксин B. Гены, кодирующие токсин A (tcdA) и токсин B (tcdB), представляют собой часть локуса патогенности (PaLoc). Большинство патогенных штаммов токсин A-положительны и токсин B-положительны (A+B+), хотя токсин A-отрицательные, токсин B-положительные (A-B+) вариантные изоляты были идентифицированы как патогенные. Некоторые штаммы C. difficile также вырабатывают актин-специфичную АДФ-рибозилтрансферазу, называемую CDT или комбинированным токсином. Локус комбинированного токсина содержит два гена (cdtA и cdtB) и расположен за пределами PaLoc. В последние несколько лет фиксировались вспышки CDI, вызванный “гипервирулентными” и фторхинолон-устойчивыми штаммами, принадлежащими к риботипу ПЦР 027, PFGE типу NAP1 и REA типу B1. Эти штаммы демонстрируют увеличенное продуцирование токсина, что было отнесено на счет делеций в регуляторном гене tcdC. Диагноз C. difficile обычно основывается на выявлении токсина A или B. Трудоемкий клеточно-опосредованный анализ цитотоксичности до сих пор считается “золотым стандартом” из-за его высокой специфичности. Были разработаны несколько быстрых иммуноферментных тестов для выявления токсинов A и B. Однако эти тесты обладают сниженной чувствительностью и специфичностью по сравнению с клеточно-опосредованным анализом цитотоксичности. В последнее время были разработаны методы ПЦР для выявления токсина A и/или токсина B, имеющие более высокие чувствительность и специфичность по сравнению с клеточно-опосредованным анализом цитотоксичности и иммуноферментными тестами. Тем не менее коммерчески стандартизованные анализы ПЦР для выявления этих токсинов в настоящее время недоступны. Тест Xpert C. difficile включает реагенты для выявления продуцирующих токсины C. difficile и продуцирующих токсины C. difficile, предположительно типа 027/NAP1/BI соответственно, а также контроль обработки образца (sample processing control, SPC). Праймеры и пробы теста Xpert C. difficile выявляют последовательности генов токсина B (tcdB), комбинированного токсина (cdt) и делеции tcdC. Повреждение кишечной флоры антибиотиками является фактором риска для инфицирования C. Difficile. Энтеропатогенный C. difficile продуцирует два сильнодействующих токсина, которые вызывают развитие диареи и псевдомембранозного колита: токсин А, энтеротоксин, и токсин В, цитотоксин. Токсины продуцируются одновременно и действуют синергически. Недавно открытый бинарный токсин, который присутствует у примерно 6% штаммов C. difficile, является новым маркером вирулентности. Новый штамм NAP1/027 с делецией в гене репрессора продукции токсинов А и В (tcdC) вырабатывает в 16 раз больше токсина А и в 23 раза больше токсина В, а также продуцирует бинарный токсин. NAP1/027 также характеризуется повышенной резистентностью к антимикробным препаратам, что даёт ему возможность распространяться в лечебных учреждениях. Существующие диагностические тесты либо очень длительные (до 3-х дней), либо обладают малой чуствительностью – пропускают до 40% инфицированных пациентов. Повторение лабораторных анализов занимает много времени и повышает расходы. Многие пациенты долгое время не получают правильного диагноза и соответственно оптимальной терапии, что повышает риск распространения инфекции.

Преимущества данного метода исследования:

• высокочувствительный метод
• возможность диагностики высоковирулентного штамма C. difficile 027
• процедура тестирования занимает 50 мин.

1. ТестXpertvanA/vanB – тест для определения ванкомицин-устойчивых энтерококков в мазкахvanA/vanB. Это качественный диагностический тест in vitro , предназначенный для быстрого выявления генов ванкомицин-резистетности (vanA/vanB) в образцах ректальных и перианальных мазков у пациентов с риском колонизации кишечника ванкомицин-устойчивыми штаммами бактерий. Тест использует метод ПЦР в реальном времени для определения генов vanA и vanB, которые могут быть связаны с ванкомицин-устойчивыми штаммами энтерококков (VRE) и предназначен для помощи в распознавании, предотвращении и контроле колонизации ванкомицин-устойчивыми микробными штаммами в условиях учреждений здравоохранения. Ванкомицин-устойчивые энтерококки (VRE) стали главной причиной возникновения внутрибольничных инфекций, особенно в отделениях интенсивной терапии (ОИТ). Инфекционные заболевания, вызванные VRE, ведут к возрастанию заболеваемости, смертности, длительности госпитализаций и расходов медицинских учреждений. Риск колонизации VRE считается результатом применения многих классов противомикробных препаратов, включая гликопептиды, цефалоспорины третьего поколения и антибиотики с мощной анти-анаэробной активностью. Распространение VRE происходит путем контакта с колонизированными или инфицированными лицами в учреждениях здравоохранения. Таким образом, многие учреждения проводят программы активного обследования с целью выявления носителей VRE и их дальнейшей надлежащей изоляции для уменьшения передачи патогена. Тест Xpert vanA/vanB включает реагенты для выявления генов резистентности vanA и vanB, а также контроль обработки образца (sample processing control, SPC) для контроля адекватной обработки целевых бактерий и мониторинга наличия ингибитора(ов) в реакции ПЦР. Контроль проверки пробы (Probe Check Control, PCC) проверяет регидратацию реагентов, заполнение пробирки ПЦР в картридже, целостность пробы и стабильность красителя. Праймеры и пробы теста Xpert vanA/vanB определяют последовательности генов ванкомицин/тейкопланин-резистентности (vanA, vanB). Остановить и контролировать вспышку VRE инфекции трудно и дорого, текущая лабораторная диагностика является громоздкой и занимает до 5 дней. Быстрый высокочувствительный и специфический тест Xpert vanA/vanB может способствовать принятию надлежащих мер предосторожности и снижению темпов распространения VRE инфекции.

Преимущества данного метода исследования:

• высокочувствительный метод
• процедура тестирования занимает не более 45 мин.

1. ТестXpertMTB/RIF – тест на наличие Mycobacterium tuberculosis и ее устойчивости к рифампицину в образцах мокроты. Он предназначен для использования с системой GeneXpert Dx, и использует метод полуколичественной гнездовой ПЦР в реальном времени, проводимой in vitro с целью обнаружения: 1) ДНК Mycobacterium tuberculosis, являющейся кислотоустойчивой палочковидной бактерией, в образцах мокроты или концентрированных осадков мокроты, полученной после провокации или при кашле; 2) мутаций резистентности к рифампицину гена rpoB в образцах, полученных от пациентов с риском резистентности к данному препарату. Во всем мире насчитывает около 2 миллиардов человек, инфицированных M. tuberculosis 1 . Ежегодно приблизительно у 9 миллионов из них развиваются активные формы заболевания, а 2 миллиона — погибают от туберкулеза. Активный туберкулез преимущественно поражает легкие. Передача возбудителя при данной форме туберкулеза осуществляется с воздухом, что обусловливает высокую заразность заболевания. Инфекционная природа данной патологии обусловливает необходимость точной и быстрой диагностики состояния, что является важным компонентом адекватной терапии заболевания и контроля его распространения. Лечение туберкулеза заключается в длительном приеме многокомпонентной терапии, которая обычно обладает высоким эффектом. Однако штаммы M. tuberculosis (МБТ) могут быть резистентны к одному или нескольким лекарственным средствам комбинации, что снижает вероятность излечения. К лекарственным средствам терапии туберкулеза первой линии относятся изониазид, рифампицин, этамбутол и пиразинамид. По данным ВОЗ, резистентность к рифампицину встречается редко и обычно (у более 95 % подобных изолятов) свидетельствует о резистентности к ряду других противотуберкулезных средств — мультирезистентности штамма (MDR-TB). При этом мультирезистентность штамма определяется как одновременная резистентность штамма возбудителя, вызвавшего заболевание, по меньшей мере к изониазиду и рифампицину. Резистентность к рифампицину или другим препаратам первой линии терапии обычно свидетельствует о необходимости проведения полного тестирования на чувствительность, в том числе и к препаратам второй линии. Молекулярное определение возбудителя туберкулеза и мутации гена rpoB, ассоциирующейся с резистентностью к рифампицину, значительно ускоряет постановку диагноза как чувствительного к терапии, так и мультирезистеного туберкулеза. Тест Xpert MTB/RIF может проводиться со свежей мокротой и с приготовленным осадком; результаты могут быть получены менее чем за 2 часа. Быстрое определение MБT и резистентности к рифампицину позволяет врачу сделать важный выбор относительно необходимой терапии во время одного посещения пациента.

Преимущества данного метода исследования:

• высокочувствительный метод
• процедура тестирования занимает не более 2 часов.

1. ТестXpertBCR-ABL, обнаруживающий транслокацию хромосом BCR-ABL, облегчает контроль транскрипта p210 (b2a2 и b3a2) в лимфоцитах периферической крови (PBL) пациентов с хронической миелогенной лейкемией (CML).

Хроническая миелогенная лейкемия (хронический миелолейкоз, Chronic myelogenous leukemia или CML) относится к группе заболеваний, называемых миелопролиферативными нарушениями. Рекомендации по лечению людей с CML включают в себя проведение анализа методом ПЦР с обратной транскрипцией в реальном времени при:

• первичном обследовании пациентов с хронической стадией CML
• контроле минимальных остаточных явлений заболевания
• определении пациентов с повышенным риском рецидива.

Монитор Xpert BCR-ABL используется вместе с системой GeneXpert® Dx и предназначен для обнаружения транскрипта транслокации BCR-ABL и последовательности эндогенного контроля ABL в образцах периферической крови. Праймеры и зонд BCR-ABL были специально разработаны для обнаружения серьезных транслокаций областей разрывов гена BCR-ABL p210 (b2a2 и b3a2), а праймеры и зонды ABL — для детекции последовательности ABL. Праймеры и зонды ABL не перекрывают мутации киназы ABL, известные на сегодняшний день.

Для выполнения теста образец и три реагента переносятся в обозначенные отсеки картриджа монитора Xpert BCR-ABL, картридж устанавливается в прибор, а в системное программное обеспечение вводится информация о тесте. Во время процесса тестирования в системе GeneXpert® Dx (1) образец и реагенты перемещаются в различные камеры картриджа; (2) изолируется вся РНК из крови путем связывания РНК с твердофазным материалом; (3) проводятся 2 промывки ингибиторов; (4) элюируется РНК; (5) происходит гидратация гранул реагентов, и смесь объединяется с элюированной РНК; (6) смесь образца и реагента перемещается в реакционную пробирку; (7) выполняется проверка качества для того, чтобы подтвердить правильность подготовки образца; (8) проводится ПЦР в реальном времени. Процесс тестирования на BCR-ABL занимает примерно 2 часа 20 минут.

Преимущества данного метода исследования:

• точный и высокочувствительный метод обнаружения гибридного гена
• высокая степень корреляции результатов, полученных при исследовании образцов костного мозга и периферической крови
• высокая скорость получения результатов (2 часа 20 мин)

Следовательно, данный метод позволит снизить количество пункций костного мозга, которое в настоящее время требуется от пациентов с хронической миелогенной лейкемией.

1. ТестXpertGBS для обнаружения ДНК стрептококка группы B (GBS) в образцах вагинальных/ ректальных мазков с использованием полностью автоматической ПЦР в реальном времени. Тест Xpert GBS предназначен для быстрой идентификации пренатальной и интранатальной инфекции GBS.

Бактериальная инфекция GBS вызывает серьезные заболевания новорожденных, родившихся у женщин, инфицированных данным микроорганизмом. Передача GBS от GBS-инфицированных женщин новорожденным осуществляется до родов (пренатальный период) или во время родов (интранатальный период). Инфекция GBS вызывает сепсис, пневмонию, менингит.

Тест Xpert GBS для интранатального скрининга не должен проводиться до использования других методик (например, пренатального тестирования). Интранатальное тестирование Xpert GBS полезно для определения кандидатов на профилактику антибиотиками во время родов, так как в этом случае результаты получаются быстро и можно без задержки начать внутривенное введение антибиотиков. Тест Xpert GBS не определяет чувствительность к антибиотикам.

В настоящее время стандартными методами предотвращения неонатального заболевания GBS является скрининг женщин на 35—37 неделе беременности на инфицированность GBS. Для большинства GBS-тестов, проводимых до родов, используется культура. Обычно результаты получаются в течение двух-трех дней. У большинства женщин, как правило, есть это время для ожидания результатов пренатального исследования на культуру GBS; однако некоторые женщины могут не иметь результатов теста в начале родов.

Тест Xpert GBS, разработанный компанией «Цефеид» для обнаружения GBS непосредственно в образцах вагинальных/ректальных мазков, занимает приблизительно 75 минут с момента начала исследования.

В тесте Xpert GBS используются реагенты для одновременного обнаружения целевой ДНК GBS, контроля обработки образца (SPC) для наблюдения за условиями обработки и внутреннего контроля (IC) для наблюдения за условиями ПЦР и отсутствием ингибирования реакции. Функция проверки наличия зонда служит для проверки регидратации реагента, размещения пробирки для ПЦР в картридже, целостности зонда и стабильности красителей. С помощью праймеров GBS и зонда, искомый участок гена цель обнаруживается в 3′-конце фрагмента ДНК, примыкающем к гену cfb S. agalactiae. После забора и передачи образца в область исследования GeneXpert в соответствующие отсеки картриджа Xpert GBS добавляются мазок и два реагента. В системе GeneXpert Dx осуществляется подготовка образца путем элюирования из мазка материала образца, смешивание реагента образца с SPC (Bacillus globigii в форме гранулы внутри картриджа) и реагента для обработки, захват клеточного материала на фильтре, лизис клеток и элюирование ДНК. Затем раствор ДНК смешивается с сухими реагентами ПЦР и передается во встроенную реакционную пробирку для проведения ПЦР в реальном времени и обнаружения инфекции. В системе GeneXpert Dx результаты интерполируются на основании измерения интенсивности флуоресцентных сигналов и встроенных вычислительных алгоритмов. Результаты можно вывести на экран и распечатать.

Преимущества данного метода исследования:

• в результате интранатального тестирования сокращается использование ненужных антибиотиков женщинами
• быстрый забор образцов и получение результатов в короткий срок (75 мин)
• тест можно проводить 24 часа в сутки

1. ТестXpertFlu для определения вируса гриппа. Тестируемые последовательности (мультиплекс-ПЦР): Flu A Matrix, H1, H1N1 Новый, H3 и Flu B. Тест Xpert Flu учитывает сезонные изменения вируса гриппа. Внутренний контроль позволяет контролировать все этапы анализа, включая этап выделения РНК, обратной транскрипции и ПЦР. Клинические пробы: мазки из носоглотки и ротоглотки, смывы из носоглотки и ротоглотки, аспираты из носовой полости. Время проведения теста: Менее 1 часа. Чувствительность: > 95%. Специфичность: > 95%.

Преимущества данного метода исследования:

• высокочувствительный метод
• процедура тестирования занимает не более 1 часа.

источник